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對于RO水處理系統,必須在RO工藝系統預處理中設置完善的殺滅微生物的措施,才能從根本上控制住微生物污染。關于防治微生物污染。傳統的觀點認為，RO膜元件的微生物污堵主要來自于地表水，來自地下水的污堵則較輕，同時認為在RO裝置進水中的微生物含量<10,000cfu/ml時，都是比較安全的，由此，應用者在選擇設計RO工藝系統時，給予的重視常常不足。國內實例表明，某些地下水系統中的RO膜元件已受到不同程度上的微生物污堵，這是因為該系統中均設有原水池，其容積一般為1-2小時的貯水調節容量（如電力行業），易滋生微生物，在半年內受到微生物污堵需要清洗的膜元件中，污堵最嚴重的單只8英寸卷式膜元件濕重達35kg，正常濕重為16.4kg，污染物呈淺黃色透明狀，燃燒氣味呈羊毛味。
防止微生物污染的方法通常是采取有效的殺菌處理措施，有氯氣及NaClO,ClO2,KMnO4,H22O2、O3、紫外線照射等常規方法，控制重點是選取合適的殺菌劑，足夠長的接觸時間。對于氯類殺菌劑，投加量一般以進水余氯含量>1mg/L為準，根據不同的反滲透膜控制合適的殘余氯量。另外還可以采用氧化性和非氧化性殺菌劑(如Na2S2O5、NaHSO350mg/L，異噻唑啉酮15-25mg/L)定期、交替沖擊性、大劑量殺菌，可殺滅系統中大部分微生物，甚至可以穿透粘附于系統中的生物粘泥膜，起到殺滅、剝離作用。再就是嚴格控制給水中的有機物含量(以總有機碳TOC表示不超過2mg/L)，抑制細菌的生長繁殖。最好同時注意監測反滲透系統各環節的水中細菌總數(TBC)以便有效的預防，當發現有徽生物污染的癥狀時(壓差升高10%，產水量降低10%)應及時采取清洗措施(包括對預處理系統和RO系統的清洗)，以免污染加重。定期殺菌，一般采用1%-3%的甲醛溶液沖洗15min，殺死細菌。在RO系統停用期間，要求用甲醛，每2天洗1次。除采用甲醛以外，還可采用0.2%的H22O2進行殺菌。
一般認為，經過活性炭處理過的水中會含有大量微生物。但對于活性炭處理工藝,只要調整好反洗頻率及更換頻次,也可以防止微生物污染。
（1）在反滲透水處理系統中反滲透膜的微生物污染在各種膜污染中是最嚴重的。它具有發展迅速，形成的生物膜難于徹底清除等特點，易堵塞膜，導致反滲透系統進出水間壓差迅速增大，產水量與脫鹽率快速下降，可能污染產品水，甚至損壞膜。
（2）可以通過監測濃水細菌總數（TBC）值的變化和給水的總有機碳（TOC）值來對微生物污染進行預測，并可以通過燃燒污染物來簡易判斷是否是微生物污染。
（3）要加強對地下水作為原水時預處理消毒殺菌的重視，防止在RO裝置中出現微生物污染。
（4）對微生物污染的防治除常規方法外，還可以采用氧化性和非氧化性殺菌劑定期、交替沖擊性、大劑量殺菌。嚴格控制給水中的有機物含量(以總有機碳TOC表示不超過2mg/L)，抑制細菌的生長繁殖。對于活性炭處理工藝,只要調整好反洗頻率及更換頻次,也可以防止微生物污染。
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